墨西哥蒙特雷，本堂瑛佑已經畢業多年，並從事外科醫生的工作，這時他已經改名為青野武，常年冷靜的醫生工作，讓他不像從前那樣冒冒失失的了。

但與水無憐奈過於相似的長相，還是引起了勃艮第的注意，他不由分說的把本堂瑛佑綁走了。

這時候他正跟琴酒掙權。boss被抓之後，雖然作為組織的二號人物，勃艮第幾乎擁有最高的決策權，但始終名不正言不順。那個boss專用的《七隻烏鴉》按鍵聲的郵箱勃艮第沒有密碼。

這個郵箱有著組織的最高秘密，但boss後來那副身體沒能想起來，所以更沒有傳承的說法。但現在的勃艮第隻不過是繼承，說起來資曆實在過於淺薄，但凡有能力的都不服他！

後來貝爾摩德推選琴酒接任新的boss，雖然這些隻能說是在組織中私底下傳言，但大家還是自然的分成了兩個陣營。所以琴酒和勃艮第都知道，他們兩個隻能活一個！

抓住了本堂瑛佑，水無憐奈陷入了被動。說不認識的話，勃艮第會毫不猶豫的殺掉本堂瑛佑，說認識的話大概率要當勃艮第在琴酒那的內應。現在水無憐奈就已經過得艱難，再加上勃艮第那麼瘋狂，恐怕用不了多久就會被琴酒發現，到時候姐弟倆都難逃一死。

於是兩年來她第一次親自去找了赤井秀一。還是工藤家，柯南、安室透、赤井秀一和水無憐奈開了個小會，他們的時間有限，能套的招很少，能相信的就隻有從小到大的默契，再有就是本堂瑛佑那奇妙的幸運——雖然小宰不斷，但他總能躲開最危險的情況。

然而實際的情況比想象中還要嚴重。那就是勃艮第親自盯著本堂瑛佑，甚至做危險的事情，本堂瑛佑都被迫在他身邊，一次次與死亡擦肩而過，最嚴重的一次水無憐奈親眼看見本堂瑛佑被狙擊槍射穿肩膀，然後與勃艮第一起跌入瀑布。

但可笑的是，水無憐奈居然因此獲得了琴酒更多的信任。不但對她的監控降低了，甚至還交給她更多的機密。

因為從離開工藤家的那天，水無憐奈就把勃艮第抓住本堂瑛佑的事情告訴了琴酒，被迫當內應的事在這裡算是過了明路，她順勢做了雙麵間諜。果然，在親自查驗過之後，琴酒不可避免的多信任了水無憐奈一些。

但勃艮第的命真的很硬。

三個月後，在印度新德裡，當琴酒與當地的恐怖組織進行交易時，勃艮第以306顆炸彈回敬一禮。伏特加被當場炸死，水無憐奈也身受重傷，在撤退的途中，科恩因被爆炸引發的樓房坍塌而活埋。

同樣受到重創的是CIA。根據CIA的計劃，他們在這次逮捕行動中，出動了36名高級探員，聯合當地警方共計128人，最終在這次爆炸中殉職了12名CIA，和5名當地警察。

好在這次的行動遠在郊區，周圍是廢棄的化工廠，因此奇跡般的沒有普通居民受傷。

這件事結束後，黑暗組織消停了好一會，但所有人都知道，琴酒和勃艮第都在養精蓄銳，等到他們恢複實力後，將是更可怕的廝殺。

兩年後的在意大利佛羅倫薩，本堂瑛佑偶然遇到來旅遊的園子，那時園子的大女兒已經一歲多了，身邊保姆、保鏢的一大堆，雖然路人想要看看孩子也不是不可能，隻是本堂瑛佑不敢過去，他不能連累園子。

後來他軟磨硬泡，終於在佛羅倫薩多呆了一天，他趁園子去洗手間，現場隻剩保姆和保鏢的時候，以冒冒失失的形象靠近了嬰兒車，鼻梁都磕破了，然後在勃艮第眼皮子地下塞進嬰兒車裡一張滿是折痕的便條紙。

等到晚上回到酒店，園子看著這張紙發呆，上麵除了折痕外，還有一些筆畫。終於塵封的記憶蘇醒，她循著記憶，按照折痕，一點點複原成了一個鳥的形狀，折的過程中筆畫連著了一起，意思是：“oll3”。

當年關於本堂瑛佑的事情，柯南沒有跟小蘭提過，但是原本纏著毛利小五郎找姐姐的男孩，突然有一天連麵都沒見一次，匆匆忙忙就出國了，而出國之後更是完全失去了聯係，這怎麼說都太奇怪了，再結合後麵到處能看到警察的身影，甚至連老外的麵孔都多了許多。

於是一個大膽的猜測產生，就是那時候發生了一件牽扯到國際的大事，且與本堂瑛佑有關，他應該是像電影裡那樣，被警方保護了起來。

這麼多年沒有他的消息，如果不是這次看到了這個折紙，恐怕園子都快忘了本堂瑛佑這個人。當年本堂瑛佑就會用紙折各種小東西，有的時候是花，有的時候動物，這個鳥跟仙鶴不同，園子學了好久，甚至沿著折痕一次次練習過，說起來，本堂瑛佑也是做好了園子永遠想不起來的準備。

後來園子把這個訊息交給了毛利小五郎。他是帶著安室透一起來的佛羅倫薩，根據當時見麵的地點，他們推測出oll有可能是這附近一家Osaria Ilatia的餐廳，他們在第三個桌子背麵，發現了用果醬寫下的“321G”，他們推測這是一個郵箱地址，又考慮他們現在在意大利，於是得到了“tre due uno”的Gmail郵箱地址，安室透試著發送了那個鳥的折紙照片，半個月後，他們取得了聯係。

到這，本堂瑛佑終於接了父親和姐姐的班，成了警方安插在組織中的臥底。