此時，扶蘇因為太強，寶可夢已經被係統封印。幾日後，扶蘇醒來，已在三國時期。而扶蘇曾經的紅顏靈魂已經沉睡！

……

這時，小智本體靈魂開始掌控，神奇寶貝也是繼承了1隻大針蜂、一隻袋龍、一隻快泳蛙。

其他俱被扶蘇的係統封印，此時花子擔心小智了。小智為了不讓花子擔心，就讓快泳蛙照顧花子。

……

一個月後，正在平行世界的三國的扶蘇已經統一了天下。

幾日後，扶蘇之妻步練師為扶蘇生下一子，名為贏梤。

一年後，扶蘇靈魂返回神奇寶貝世界。小智的靈魂開始沉睡，扶蘇的靈魂繼續控製自己穿越過來的身體。