官軍圍剿流賊不力，反而被殺的大敗虧輸，朝中隻好放出因黨爭獲罪的名將宋常勤出任三邊總督，負責剿滅流賊。
宋常勤入軍中，發現軍隊之中兵無戰心，軍官驕橫，殺良冒功。宋常勤於是用鴻門宴的方式斬殺軍頭鳳人宏，清洗鳳人宏的黨羽，控製軍隊。
與此同時塗旦可也被軍隊抓住，重新整編的軍隊正缺少醫生，於是將塗旦可帶上。過程中塗旦可展現出來的醫術漸漸獲得軍隊信任，這時他才發現軍中有大量醫生，甚至連他的師父——一位蘇州名醫都被抓到軍隊裡來了。
而繼續行軍後塗旦可才知道軍中有這麼多醫生的原因：原來此時軍隊之中已經開始爆發傳染病，為了穩定軍心，軍官拚命抓醫生試圖將疾病控製住。
名醫們各自使用辦法對付傳染病，但是這疾病與之前百年中本朝遇到的病症都不一樣，醫生們用老辦法治療疾病，卻因為藥不對症所以根本無效，甚至使得將士們諱疾忌醫。
塗旦可通過思索發現了治療傳染病的辦法，但是這辦法和古書的辦法不同，塗旦可提出之後甚至連他的師父都不願意支持，由此塗旦可被趕出軍中。
與此同時，宋常勤也上任總督，他到各地去籌集糧草，可是地主大戶們全都互相推委，口中說著自己如何困難，一兩銀子都沒有，但酒宴之後，宋常勤卻收到大戶門送來的禮單——這些不願意支持糧草的大戶一口氣給他送了上千兩銀子的禮物。
被趕出軍隊的塗旦可遇到流賊，被流賊裹挾，因為之前在軍中救了一個被俘的流賊首領的命，所以他並沒有遇害，還被流賊以禮相待。
流賊領袖請求塗旦可給他的部下治病，這時塗旦可才發現這群流賊之中也已經爆發同樣的傳染病，塗旦可隻能儘力救治，但因為沒有相應的藥品無法治愈。
與此同時宋常勤征收糧餉卻遇到極大阻力，那些地主大戶無論宋常勤怎麼諷刺勸說都不願拿出軍糧，卻反而在每次拜見宋常勤之後都給他送上更重的禮物，希望能夠讓宋常勤放他們一把。
宋常勤調查出這些地主家中都有糧食，卻欠稅不交，甚至在災荒緊急的情況下，還有許多官員保護他們，他向朝廷彈劾這些地主和官員試圖取得朝廷支持，但是這些地主大戶全都有通天的關係，宋常勤的上疏沒有任何回應，他反而因此被朝廷排擠。
塗旦可所在的流賊被官軍攻擊，塗旦可再次被俘回到軍中。而這時他發現軍中的傳染病已經十分嚴重，甚至連他的師父都染上疾病。
師父在死前問塗旦可：“為什麼幾百年都有效的辦法，此時卻無效了？這病還怎麼救？”含恨而終。
塗旦可咬牙接下了治療傳染病的工作，請求用自己的新方法治療疾病。事情上報到宋常勤那裡，宋常勤點頭同意。
塗旦可使用了新方法終於將傳染病控製。
同時，宋常勤將本地的士紳大戶聚集在一起，最後詢問他們能否出糧，在再一次得到搪塞答複之後宋常勤摔杯為號，讓埋伏好的軍隊將這些大戶全部控製，抵抗者殺無赦，然後直接派出軍隊入大戶家中查抄，儘數將這些大戶隱匿的糧食未交的稅款收回，用這些糧食稅款武裝軍隊，去和流賊決戰。
大戰前夕，塗旦可離開軍隊，用自己總結出來的治療傳染病的辦法，試圖去救治更多的受疾病困擾的百姓；宋常勤帶領著隊伍去和流賊決戰；與此同時，因為被抄家而彈劾宋常勤的上疏雪片一般的飛向京城……
整部在此戛然而止，雖然沒有寫出結局，但是整篇文字悲傷的語調已經預示了宋常勤的死亡，或者是死在戰場上，或者是被朝廷抓回去問罪，又或者兩相夾攻之下，悲憤而亡。
這部參考《大明劫》寫成，但卻遠遠不止《大明劫》電影劇情的內容。
王文龍試圖在中描寫一個王朝末日的場麵，借用了後世《戰爭與和平》等反映大時代背景的的方法，插入大量的視角轉換，通過流賊、名士、農民、軍人、地主、醫生、官員的眼睛，多視角的去描寫出他們眼中的世界，一點一點的勾畫出一個人心離亂的末世。
多視角的使用使得所有人物都不是全然惡人：流賊不全是壞人，大多是因為沒飯吃被逼上梁山，官軍不全是好人，許多人殺良冒功、臨陣怯戰，甚至連不願意交糧餉的地主大戶也有自己的理由：他們不相信朝廷官軍，因為這些軍隊基本打不贏仗，倒是每次都會回來搶掠，所以大戶寧願把糧食留在自己手裡。
大家全都不是單純的壞人，隻是時代使得他們站在矛盾的對立麵上，整個世界都在螺旋下降。
王文龍悶頭寫了好幾天的大綱，然後開始正式創作，把寫好的前幾章拿給李國仙和沈宜修看。
李國仙和沈宜修都看入迷了。
李國仙畢竟出生在海商家庭，對於這篇的感受還不太深，但沈宜修卻是看完之後良久不語。
讀完書沈宜修忍不住問王文龍：“相公以為天下會有離亂至此的那日嗎？”
“希望隻是家言而已吧。”王文龍歎息說道，連續幾天的創作之後，他也有些沉浸在作品的情緒中。
王文龍拿著稿子來到編輯部後鄧誌謨先拿去看。
最開始看到《療屙錄》的標題鄧誌謨還以為這書是武俠，沒想到讀著讀著才發現這篇的視角宏大而又深刻。
讀了一整天，鄧誌謨忍不住對著書稿長歎：“此書寫的真好……”
他總算知道王文龍給本書起名叫《療屙錄》的緣由了：
整部講的就是兩個醫生的故事。
塗旦可用醫術去治療爆發的傳染病，宋常勤也是用自己的能力想要治療好一個即將衰亡的王朝。
塗旦可用新辦法治療傳染病獲得了成功，而宋常勤使用新辦法從大戶家中榨出糧餉，卻似乎注定死在舊勢力的反撲之下——人所生之病可解，但世道似乎已經疾重難返。